La storia del Santuario di san Calogero in Sciacca si fonde con quella della Provincia Religiosa di Sicilia dei Ss Gioacchino e Anna del Terzo ordine Regolare di san Francesco alla metà di questo secolo (1948).

Sono due storie a se stanti, antiche, dalle vicende alterne e ricche di eventi.
San Calogero, a cui è dedicato il Santario/Basilica, è vissuto tra la metà del V secolo e gli inizi del secolo VI. Unico documento attendibile per la vita del Santo sono gli Inni di Sergio, un monaco del monastero di san Calogero sul cronio, vissuto intorno all’870. Questi inni scritti in lingua greca, furono trovati nel monastero di san Filippo di Fragalà, in provincia di Messina, nel primo decennio del 1600, da P. Ottavio Gaetani S.J.

La vita di san Calogero, offerta negli Inni, è fondamento valido della grande venerazione di cui è stata circondata, lungo tanti secoli, la figura del Santo, che si è imposta, in modo quasi sempre irrompente, facendo cadere tutte le supposizioni di una pluralità di nomi, lontana dalla realtà storica del santo.

Il Santo nacque a Calcedonia, antica città dell’Asima Minore, l’odierna Turchia; ma la sua patria di elezione fu la Sicilia, dove giunse in seguito a una persecuzione contro il culto del Dio uno e trino, causata dallo scisma di Acacio, patriarca di Costantinopoli. Calogero, insieme con il vescovo Gregorio e il diacono Demetrio, lasciò Calcedonia diretto in Sicilia.

Calogero si dedicò alla predicazione e alla cura degli ammalati. Ebbe così inizio il suo peregrinare per la Sicilia: Salemi, Palermo, Termini Imprese, Fragalà, Lipari, Lentini, Agrigento, Naro. A Sciacca trascorse gran parte della vita nella grotta sul Cronio, luogo di apostolato e di fraterna accoglienza.

Attorno a san Calogero si formò una vita monastica. I primi eremiti trovarono alloggio nelle grotte adiacenti a quella del Santo, dette in seguito Eremi o Quarto degli Eremiti.

I monaci erano impegnati nell’assistenza a quanti, specialmente poveri, venivano per le stufe e, sulla sommità del Cronio, una chiesetta serviva alla devozione degli ammalati e dei pellegrini.

Dal 1500 la chiesa di san Calogero fu affidata a cappellani dipendenti dal Priore di san Nicolò la Latina. Nel 1526 fu eletto priore don Mariano Manno, consacrato vescovo nel 1538. egli diede inizio alla costruzione dell’attuale santuario nel 1530, in sostituzione della chiesetta esistente. Con il Manno prendeva decisamente sviluppo il culto del Santo.

La fabbrica della chiesa fu continuata da don Gregorio Gallitano, priore di san Calogero per 52 anni e fu inaugurata nel 1644, essendo priore Gaspare Brasco. Durante il priorato di fra Giuseppe Cerra (1818) la chiesa di san Calogero fu chiamata santuario.